Do zakresu działania Wydziału Kontroli Gospodarki Finansowej należy:
1) przeprowadzanie kontroli gospodarki finansowej - w zakresie dochodów i wydatków budżetowych, na podstawie kryterium zgodności z prawem i zgodności dokumentacji ze stanem faktycznym - jednostek samorządu terytorialnego, związków międzygminnych i powiatów, stowarzyszeń gmin oraz stowarzyszeń gmin i powiatów, samorządowych jednostek organizacyjnych (jednostek i zakładów budżetowych, gospodarstw pomocniczych i innych jednostek organizacyjnych, w tym samorządowych osób prawnych),
2) przeprowadzanie kontroli gospodarki finansowej - w zakresie zadań administracji rządowej wykonywanych przez te jednostki - także na podstawie kryteriów celowości, rzetelności i gospodarności,
3) przeprowadzanie kontroli w innych podmiotach w zakresie wykorzystania dotacji przyznanych z budżetów jednostek samorządu terytorialnego,
4) kontrola rachunkowości budżetowej jednostek samorządu terytorialnego, w tym rachunkowości w zakresie poboru zobowiązań pieniężnych oraz podatków i opłat lokalnych w gminach,
5) kontrola prawidłowości i zgodności ze stanem faktycznym i ewidencją obowiązujących sprawozdań o dochodach i wydatkach budżetowych,
6) opracowywanie i przekazywanie zastępcy prezesa, w oparciu o wyniki kontroli, projektów wystąpień pokontrolnych, wskazujących źródła i przyczyny nieprawidłowości, osoby odpowiedzialne oraz zawierających wnioski zmierzające do usunięcia nieprawidłowości i do usprawnienia badanej działalności,
7) dokonywanie, w oparciu o informacje o wykonaniu zaleceń pokontrolnych, analizy ich wykonywania pod względem kompletności i zgodności z wydanymi zaleceniami, oraz sprawowanie nadzoru nad terminowością ich wykonania,
8) przygotowywanie, w oparciu o ustalenia kontroli, projektów zawiadomień rzecznika dyscypliny finansów publicznych w sprawie naruszenia dyscypliny finansów publicznych lub wniosków o ukaranie, kierowanych do przewodniczącego komisji orzekającej, projektów wystąpień do organów ścigania,
9) przygotowywanie do zamieszczenia wniosków pokontrolnych na stronach internetowych,
10) opracowywanie i przekazywanie - do Wydziału Informacji, Analiz i Szkoleń – projektu rocznego planu kontroli, umożliwiającego realizowanie co najmniej czteroletniego cyklu przeprowadzania kontroli kompleksowych w jednostkach samorządu terytorialnego,
11) opracowywanie i przekazywanie, do Wydziału Informacji, Analiz i Szkoleń, projektu sprawozdania z wykonania planu kontroli,
12) zabezpieczanie i udostępnianie kolegium Izby dokumentów związanych z przeprowadzonymi kontrolami,
13) prowadzenie ewidencji upoważnień do przeprowadzania kontroli i innych związanych z działalnością wydziału,
14) współdziałanie z Wydziałem Informacji, Analiz i Szkoleń przy upowszechnianiu informacji wynikających ze zrealizowanych kontroli,
15) opracowywanie materiałów szkoleniowych dla inspektorów kontroli; prowadzenie szkoleń pracowników wydziału; udział w szkoleniach pracowników samorządowych,
16) opracowywanie ramowego zakresu tematyki kontroli podmiotów podlegających kontroli Izby,
17) przygotowywanie, do podpisu prezesa lub zastępcy prezesa, powiadomień o terminie rozpoczęcia planowanej kontroli; przekazywanie powiadomień zainteresowanej jednostce.
Wydział Kontroli Gospodarki Finansowej przeprowadza następujące rodzaje kontroli:
1) kompleksowe, obejmujące gospodarkę finansową jednostek samorządu terytorialnego, co najmniej raz na 4 lata,
2) problemowe, obejmujące wybrane zagadnienia,
3) doraźne, podejmowane w razie potrzeby,
4) sprawdzające wykonanie wniosków pokontrolnych.